在处理卫生间改造墙面残留的防水层时，可以采取以下方法：

1、物理清除：如果防水层比较完好且附着力强，可以使用壁纸刀、铲子等工具进行物理清除。清除过程中要注意力度，避免破坏墙体基层。

2、化学清除：对于难以物理清除的防水层，可以使用汽油、丙酮、香蕉水等有机溶剂进行软化处理。涂抹溶剂后，等待一段时间，使防水层软化，然后再用铲子或抹布进行清除。

3、凿毛或拉毛处理：如果计划重新铺贴瓷砖，可以对墙面进行凿毛或拉毛处理。凿毛是用工具在墙面凿出凹痕，拉毛则是用钢丝刷等工具在墙面刷出凸凹不平的效果。这些处理方法可以增加墙面与瓷砖之间的粘结力，同时清除残留的防水层。

4、重新涂刷防水层：在清除残留防水层后，应重新涂刷防水涂料，确保墙面具有良好的防水性能。涂刷前要确保墙面干燥、平整，涂刷时要均匀、无遗漏。

总之，在处理卫生间改造墙面残留的防水层时，应根据具体情况选择合适的清除方法，并确保重新涂刷防水涂料，以保证墙面的防水性能。